Лысейко известен тем, что в 1998 году возбудил уголовное дело в отношении бывшего мэра Санкт-Петербурга Анатолия Собчака. В 2000 году активно участвовал в расследовании дела Владимира Гусинского, кторое Европейский суд по правам человека в 2004 году признал преследовавшим "неправовую цель" отнять у олигарха телекомпанию НТВ, за что Россия должна заплатить 88 тысяч евро судебных издержек. Впоследствии Лысейко возглавлял расследование уголовных дел в отношении руководителей НК "ЮКОС". По информации газеты "Коммерсант", именно Лысейко добился перевода из Башкирии своего друга – следователя Салавата Каримова, с которым они стали главными режиссерами беспрецедентного по масштабам дела ЮКОСа. Начальник управления Лысейко, имея в подчинении более 50 штатных следователей, разрешил тем не менее Салавату Каримову сформировать следственную бригаду по делу ЮКОСа из своих земляков.
По данным издания, Владимир Лысейко, выполняя указания тогдашнего первого зама генпрокурора Юрия Бирюкова, непосредственно участвовал в деле "Трех китов", а точнее, в уголовном преследовании следователя МВД Павла Зайцева и двух высокопоставленных сотрудников ГТК – Волкова и Файзулина, посмевших докопаться до контрабандного происхождения продукции хозяина "Трех китов" Сергея Зуева.
После вмешательства президента Путина, Зуева и других соучастников мебельной контрабанды все же арестовали, и сейчас дело готовится к передаче в суд специальным "президентским" следователем Владимиром Лоскутовым.
По данным издания, именно дело "Трех китов" стало одной из причин, по которой генпрокурор Юрий Чайка заявил о недоверии начальнику следственного управления Лысейко. Ходят слухи, что исполняющему обязанности начальника этого управления Сергею Иванову (он выходец из Главной военной прокуратуры, работавший в последнее время в Минюсте) дан карт-бланш на ревизию всей деятельности господина Лысейко, в том числе по анализу прекращенных и приостановленных дел.
Как пишет 12 сентября "Коммерсант", в минувшую пятницу начальника управления по расследованию особо важных дел Владимира Лысейко вызвал к себе первый заместитель генпрокурора Александр Буксман. Он предложил Лысейко освободить занимаемую должность, перейдя на работу в другое управление, не связанное со следствием. Лысейко отказался. "Тогда пишите рапорт об уходе на пенсию", – сказал первый замгенпрокурора. На это Лысейко согласился.
Ранее в ходе реформы, начатой новым генпрокурором, были уволены два его заместителя - Иван Кондрат, курирующий Северо-Западный федеральный округ, и замгенпрокурора по Центральному федеральному округу Николай Савченко. Одновременно Фридинский, ранее отвечавший в Генпрокуратуре за "общий надзор", был наделен полномочиями курировать весь следственный блок.
