Уничтожение зеленых зон, точечная застройка элитным жильем, пересечение сквозными шоссе, строительство жилых коттеджей на месте садовых участков Академгородка предусмотрено в новом Генплане Новосибирска. Проект был формально вынесен 3 сентября на публичные слушания. Однако не было предварительной информации в СМИ, предварительного обсуждения. По проекту, междомовые территории Верхней (исторической) зоны Академгородка обозначены как "территории непрофильного использования". Точечная застройка многоэтажными домами, строительство Технопарка, застройка территории уникального Ботанического сада, сквозная дорога – шоссе из Новосибирска до Горного Алтая, проходящая по центральной улице Академгородка (Морскому проспекту), - все это указано как приоритетное развитие Новосибирска до 2015 года.
Генплан также предусматривает до 2030 года ликвидацию или перенесение в пригородную зону 49 садово-дачных обществ Советского района с передачей их земель в категорию малоэтажной жилой застройки (коттеджи).
Общественность заявляет о том, что новый Генплан нарушает сразу несколько статей федерального закона "О садоводческих и дачных некоммерческих объединениях граждан". При этом не подготовлено ни одного решения муниципалитета об отводе земель для образования или переноса этих обществ. Все нарушения, противоречия и несоответствия федеральным и муниципальным законам, а также тяжелые социальные, морально-этические и даже экономические последствия принятия Генплана в части зоны Академгородка и Советского района в целом были высказаны на публичных слушаниях активистами инициативной группы "Защитим город-лес Академгородок" и ассоциации "Академ-сады". Однако они были практически проигнорированы в итоговом решении.
