14 июня 2000 года на допросе Гусинскому было разъяснено, что он подозревается в совершении мошенничества в особо крупном размере, предусмотренном п. "б" ч. 3 ст. 159 УК РФ. Его обвинение основывалось на предположении о том, что в 1996—1997 гг. посредством образования различных коммерческих структур (в том числе и ЗАО "Медиа-Мост") функции телевещания были обманным путем переданы от государственной компании "Русское видео" частной компании ООО "Русское видео", тем самым лишив РГК "Русское видео" 11-го телеканала стоимостью 10 миллионов долларов США. 16 июня 2000 г. Гусинскому было предъявлено обвинение в совершении указанного преступления. Гусинский отказался подписать протокол допроса, сказав, что считает предъявленное ему обвинение юридически абсурдным и что он не признает себя виновным. В тот же день следователь Генпрокуратуры вынес постановление об освобождении Гусинского из-под стражи и о замене ему меры пресечения на подписку о невыезде.

В период пребывания Гусинского под стражей, с 13 по 16 июня 2000 г., и.о. министра РФ по делам печати, телерадиовещания и средств массовых коммуникаций М.Ю. Лесин предложил снять с Гусинского обвинения по уголовному делу, если тот продаст ЗАО "Медиа-Мост" по цене, которая будет предложена "Газпромом". Одновременно представители "Газпрома" просили его подписать соглашение в обмен на снятие с него всех уголовных обвинений. Такое соглашение было подписано 20 июля 2000 г., в примечании № 6 к которому содержалось положение, в котором в том числе указывалось о прекращении уголовного преследования в отношении Гусинского, а также и о гарантиях его безопасности. Приложение № 6 было подписано сторонами и завизировано подписью М.Ю. Лесина. После его подписания уголовное преследование в отношении Гусинского было прекращено на основании постановления о прекращении уголовного дела и отменена мера пресечения в виде подписки о невыезде. Гусинский в тот же день выехал из России. После его отъезда ЗАО "Медиа-Мост" отказалось исполнять "июльское соглашение" на том основании, что оно было заключено "под давлением".

27 сентября 2000 г. следователем Генпрокуратуры в отношении Гусинского было возбуждено новое уголовное дело (также по обвинению его в мошенничестве) в связи с получением им обманным путем кредитов. Дело было возбуждено на основании заявления, поданного представителем "Газпрома" в Генпрокуратуру 9 сентября 2000 г., в котором содержалась просьба о проведении расследования по поводу того, на какие цели расходовались средства, полученные ЗАО "Медиа-Мост", в частности, соответствовало ли получение кредитных средств уставной деятельности ЗАО "Медиа-Мост" и использовались ли эти средства по назначению. 1 ноября 2000 г. следователь направил Гусинскому повестку с требованием явиться 13 ноября в Генпрокуратуру РФ для предъявления ему обвинения и производства допроса. Гусинский не явился. 13 ноября 2000 г. следователь избрал в отношении него меру пресечения в виде заключения под стражу, а постановление об этом было передано в российское национальное бюро Интерпола. На основании международного ордера на арест Гусинский был арестован 11 декабря 2000 г. в Испании и заключен под стражу. 22 декабря 2000 г. Гусинский был освобожден из-под стражи под залог и помещен под домашний арест.

В связи с жалобой, поданной Гусинским, 26 декабря 2000 г. Тверской районный суд г. Москвы постановил, что возбужденное уголовное дело в отношении получения кредита ЗАО "Медиа-Мост" было незаконным, поскольку документы, полученные органами расследования, не выявляли признаков уголовно наказуемого мошенничества, достаточных для возбуждения уголовного дела (5 января 2001 г. Мосгорсуд отменил это решение на том основании, что никакой жалобы на действия органов предварительного следствия по поводу возбуждения уголовного дела в суд не поступало). 4 апреля 2001 г. испанский суд вынес решение об отказе Российской Федерации в экстрадиции Гусинского, сославшись на сомнительность уголовно-правовой основы обвинения, на подписание Гусинским "июльского соглашения" под давлением (когда он находился под стражей) и на решение Тверского районного суда г. Москвы от 26 декабря 2000 г.

В 2003 г. та же ситуация с экстрадицией повторилась в Греции. Гусинский был задержан в международном аэропорту Афин, провел там несколько дней в тюрьме, но греческий суд отказался выдать его России, признав обвинение в его адрес "расплывчатым".

19 мая 2004 г. Европейский суд по правам человека, рассмотрев дело о нарушении Россией в связи с делом Гусинского Европейской конвенции о правах человека признал, что Генпрокуратура РФ, арестовав и продержав главу "Медиа-Мост" три дня в СИЗО, нарушила статьи 5 и 18 Европейской конвенции, что его арест был осуществлен не только для того, чтобы предать его суду, но и с "неправовой целью": "надавить" на него, чтобы тот отдал НТВ "Газпрому". В решении суда, в частности, говорилось: "Те факты, что ОАО "Газпром" просило Гусинского подписать "июльское соглашение" в то время, когда он находился под стражей, что министр государства утвердил такое соглашение своей подписью и что следователь впоследствии использовал его как одно из оснований для снятия обвинений, настоятельно свидетельствуют о том, что обвинение против заявителя (Гусинского) было выдвинуто для того, чтобы запугать его" (содержание так называемого июльского соглашения, завизированного подписью министра, широко освещалось в наших СМИ). В мотивированной части суд также сослался на то, что обвинение не доказало "исключительных обстоятельств дела", допускаемых российским уголовно-процессуальным законодательством для задержания граждан до предъявления им обвинения.

По материалам "Новой газеты", 14.04.2006