22 марта 2002 года РСПП обнародовал письмо президенту Владимиру Путину, в котором выразил "возмущение" действиями возглавляемого Михаилом Зурабовым Пенсионного фонда. Ведомство обвинили в срыве принятия законов об инвестировании накопительной части пенсий.

В конце 2003 года Михаил Зурабов попал под критику СМИ, госчиновников и бизнесменов за задержку рассылки уведомлений о состоянии пенсионных счетов, сорвавшую выбор гражданами управляющих компаний.

2 августа 2004 года 30 членов Национал-большевистской партии, протестуя против монетизации льгот, захватили кабинет Михаила Зурабова в здании Минздрава. В декабре семеро из них получили по пять лет колонии.

1 января 2005 года началась реализация закона о монетизации льгот, одним из идеологов которого был Михаил Зурабов. Недовольные объемом компенсаций бывшие льготники вышли на митинги по всей стране. Властям пришлось повысить выплаты и частично вернуть льготы.

14 февраля 2005 года премьер Михаил Фрадков раскритиковал Минздравсоцразвития за задержку программы дополнительного лекарственного обеспечения. Программа критикуется региональными властями. 3 марта 2005 года красноярский губернатор Александр Хлопонин, возмущенный задержкой поставки лекарств заявил: "Зурабов должен ответить за этот бардак!" 25 января 2007 года законодательное собрание Ульяновской области в письме президенту и премьеру возложило вину за перебои с лекарствами в регионе на господина Зурабова.

16 ноября 2006 года по подозрению во взяточничестве арестованы глава Фонда обязательного медстрахования Андрей Таранов, его заместитель Дмитрий Усенко и еще шестеро сотрудников фонда. 13 декабря 30 депутатов Госдумы и парламент Санкт-Петербурга обратились к Владимиру Путину и Михаилу Фрадкову с просьбой отстранить от должности господина Зурабова на период расследования.

kommersant.ru