1. Профессиональная деятельность. Такое предположение высказала президент России Дмитрий Медведев в день убийства правозащитницы Натальи Эстемировой, 15 июля. Следственный комитет при прокуратуре России сразу же начал рассматривать данную версию в качестве основной. (Также эту версию, как и 3 последующие, обозначил министр внутренних дел России Аркадий Еделев.)
  2. Провокация лидеров бандформирований с целью дискредитации руководства субъектов Федерации и правоохранительных органов.
  3. Разбой и грабеж.
  4. Неудавшиеся семейные отношения.
  5. Личная вражда с Рамзаном Кадыровым. Неофициальная версия. Председатель совета центра "Мемориал" Олег Орлов, где работала убитая правозащитница, обвинил именно Кадырова в гибели Эстемировой. Также данную версию поддержали ряд правозащитников.

    В центр "Мемориал" позвонил человек и представился президентом Чечни Рамзаном Кадыровым. Он заявил, что властям Чечни невыгодна смерть Натальи Эстемировой. Возможно, правозащитницу убили люди, которые хотели подставить руководство Чечни и Ингушетии.

    Между тем адвокат президента Чеченской Республики Рамзана Кадырова Андрей Красненков 20 июля подал в ГУВД Москвы заявление с просьбой возбудить уголовное дело против председателя правозащитного центра "Мемориал" Олега Орлова по статье 129 УК РФ ("Клевета").

    Президент России Дмитрий Медведев посчитал версию о причастности Кадырова к убийству Эстемировой "провокацией" и назвал ее "примитивной и неприемлемой для власти".